Yun Dong-ju sinh ra ở Long Tỉnh, Cát Lâm, Trung Quốc. Ông là con cả của gia đình có bốn đứa con, bố là Yun Yeong-seok và mẹ là Kim Yong. Năm 1932, ông vào trường trung học ở Long Tỉnh, sau đó trở về Triều Tiên, năm 1936 ông tiếp tục học trung học ở Bình Nhưỡng. Sau khi trường bị đóng cửa, ông trở về Long Tỉnh và vào học tại Học viện Gwangmyeong. Năm 1941 ở tuổi 23, ông tốt nghiệp trường Kỹ thuật Yonsei (nay là Đại học Yonsei). Thời gian này ông đã viết nhiều bài thơ và đem tập hợp 19 bài để xuất bản với tên gọi là “Trời, gió, sao và thơ” (하늘 과 바람 과 별 과 시). Tuy nhiên, cuốn sách đã không được in ra vì sự kiểm duyệt.

Năm 1942, Yun Dong-ju đi sang Nhật và vào học khoa Văn học Anh tại Đại học Rikkyo ở Tokyo. Sáu tháng sau, ông chuyển đến Đại học Doshisha ở Kyoto. Ngày 14 tháng 7 năm 1943 ông bị cảnh sát Nhật Bản bắt giữ và bị giam tại Đồn cảnh sát Kamogawa ở Kyoto. Năm sau, tòa án khu vực Kyoto kết án ông hai năm tù về tội đã tham gia vào Phong trào Độc lập của Triều Tiên. Ông bị giam ở Fukuoka, nơi ông qua đời vào tháng 2 năm 1945.

Thơ của ông cuối cùng đã được công bố vào năm 1948, khi ba tập bản thảo viết tay đã được xuất bản dưới một tên gọi chung là “Trời, gió, sao và thơ”. Với sự ra đời của cuốn sách này Yun Dong-ju được công nhận là một nhà thơ kháng chiến ở vào giai đoạn cuối của sự chiếm đóng.

Tháng 11 năm 1968, Đại học Yonsei với sự tham gia của một số tổ chức khác, đã thành lập quỹ để cung cấp tài chính cho Giải thưởng thơ Yun Dong-ju.